Zadaniem Fundacji im. Heinricha Bölla w Europie Środkowej i Wschodniej (Polska, Czechy, Słowacja, Ukraina i Białoruś) jest wspieranie procesu integracji Europy, celem zbliżenie „starych”, „nowych” członków Unii Europejskiej oraz jej wschodnich sąsiadów w zasadniczych kwestiach polityki europejskiej. Europejska  tożsamość i wspólne wartości są zarówno tematem, jak  i punktem odniesienia wszystkich regionalnych działań Fundacji.

Działania Fundacji im. Heinricha Bölla w regionie prowadzone są przez Biuro Regionalne Europa Centralna (rok założenia: 2002) z siedzibą w Warszawie, Biuro Krajowe w Pradze (rok założenia: 1990) oraz od roku 2008 Biuro Krajowe w Kijowie.

Współpraca regionalna i podział kompetencji
Program Forum Dialogowe Europa jest realizowany jest przez wszystkie biura Fundacji w regionie. Program ten tworzy - w Warszawie, Pradze, czy też Kijowie - przestrzeń dyskusji na zasadnicze europejskie tematy. Należą do nich zarówno kierunek reform wewnętrznych Unii i Wspólna Polityka Zagraniczna i Bezpieczeństwa oraz wyzwania wschodniego sąsiedztwa, obejmujące relacje Unii z Ukrainą, Białorusią i Rosją.

Warszawskie Biuro Fundacji im.Heinricha Bölla odpowiedzialne jest ponadto za realizacje programu regionalnego Demokracja Płci / Polityka Kobiet, którego działania, prowadzone w Polsce, Republice Czeskiej, na Słowacji i Ukrainie, propagują aktualną strategię równościową Unii Europejskiej oraz inicjują i wspierają proces tworzenia przyszłościowych europejskich strategii na rzecz równego traktowania kobiet i mężczyzn.

Program regionalny Polityka energetyczna i ochrona klimatu prowadzony przez Biuro Fundacji im. Heinricha Bölla w Pradze inicjuje i wspiera regionalną dyskusję na temat wyzwań w obszarze bezpieczeństwa energetycznego i zmian klimatycznych w kontekście europejskim i globalnym. Działania na rzecz długofalowej polityki energetycznej i klimatycznej w Europie i w regionie, promowanie odnawialnych źródeł energii i efektywności energetycznej oraz dyskusja o zapewnieniu bezpieczeństwa dostaw energetycznych, bez konieczności stosowania energii atomowej są kluczowymi elementami programu.

Program Demokratyczna Ukraina realizowany przez Biuro Fundacji im. Heinricha Bölla w Kijowie wspiera proces demokratycznej transformacji na Ukrainie i partycypację społeczeństwa obywatelskiego w tym procesie. Permanentny kryzys polityczny i rozczarowanie obywatelek i obywateli rozwojem sytuacji na Ukrainie po „pomarańczowej rewolucji”, narzuca pytania zarówno o stan demokracji i deficyty ukraińskich elit politycznych, jak i o szanse na zbliżenie Ukrainy do Unii Europejskiej, nie tylko w obszarze prawa, czy gospodarki, lecz także w obszarze wspólnych europejskich wartości. Wyzwania związane z rozwojem demokracji na Ukrainie są punktem odniesienia dla działań własnych fundacji oraz wspierania ukraińskich organizacji pozarządowych.